Доработки такого рода, что send-document отправляет файлы без расширения и если ты делаешь там pdf/xls/etc., то расширение надо указывать явно, из коробки он пришлёт что-то не то. Ну или по дефолту - оно отправляет файл с жёсткого диска, а ты хочешь его как byte-array отправить, ну и т.д. Т.е. не недостатки, а особенности реализации.
Самое главное - лонгполлинг работает, вебхуки работают.