Там ещё до слоя операционной системы. Неважно, хоть виндовс, хоть солярис. Контроллер на винчестер пишет кучу своего служебного, по этому диски часто нельзя даже между контроллерами перекинуть без "переразметки". А потом контролёр предоставляет для ОС уже "собранное" блочное устройство.