С точки зрения производительности и надёжности, чем больше размер кластера, тем лучше. Всегда.
Ибо чем больше кластер, тем меньше размеры таблиц "FAT", а значит, файловые операции выполняются быстрее, меньше грузят проц, требуют меньше памяти, гораздо меньше степень фрагментации и время на дефрагментацию, существенно меньше нагрузка на сами винты.
Но нужно помнить два обстоятельства:
1) В случае наличия большого количества мелких файлов и большого кластера, бесполезно расходуется много свободного места на диске. Например, 1000 файлов по 1 килобайту (общий объём 1 мегабайт) откушают на диске 32 мегабайта свободного пространства при размере кластера 32к.
2) Встроенный виндовый "DriveSpace" не работает при размерах кластера более 4к.
Учитывая вышесказанное, лично я делаю след. образом.
Системный раздел делаю как можно меньшего размера (обычно вполне хватает 16 Гб) с кластером 4к.
Разделы/диски для рабочих файлов и "My Documents" имеют кластеры 16-32к
Разделы/диски для музыки, видео и дистрибутивов всегда 64к
Если есть необходимость разместить своп или гибернейт файлы на отдельном диске, там тоже 64к
Чего и вам советую. 
Вышеописанный подход значительно ускоряет все файловые операции. Например, у меня довольно нафаршированная всякими программами винда, грузится около 10 сек (после прохождения "POST" до появления всего десктопа), а из гипернейта выходит около 3-5 сек (Комп A64 3200+, 1 гиг рамы)
З.Ы. Всегда форматирую только в NTFS.