3 и 6 Гбит/с - это пропускная способность интерфейса SATA 2 и 3 соответственно. В твоем случае узким местом является не интерфейс а скорость записи флеш-памяти и этот предел достигается уже в режиме SATA 2, поэтому переключение в режим SATA 3 не дает прироста производительности