Но по логике предприниматель должен оплачивать налог только с тех средств, которые пришли на его расчетный счёт. Какое он отношение имеет к поступлениям в wb от покупателей? Тогда при покупке на wb покупатель сразу должен оплачивать напрямую поставщику за товар, а не на счет wb.
Для удобства так и считайте. Представьте, что покупатель вам полностью заплатил за товар. С этой суммы вы заплатили налоги, а затем заплатили ВБ за услуги. Вы же не вычитаете свои затраты на траспорт, связь, рекламу и т.д. Почему вы должны услуги ВБ вычитать?