всем, спасбо за подсказки, удалось сгенерить style.css для гутенберга с минимумом различий. Если кому-то интересно, то для генерации, необходимо брать ветку с версией вордпресса, например:
https://github.com/WordPress/gutenberg/tree/wp/5.8 (а то я брал сначала trunk, 5.8, release/5.8 - но там было более 100 различий в diff’e)