function testing_woo_product_query( $q ){
 if( isset( $_GET['filter'] ) and intval( $_GET['filter'] ) == 1 ){
   global $wpdb;
   $all = new WP_Query( *параметры запроса товаров из категории* );
   $products = $wpdb->get_col( 'SELECT prod_id FROM filters WHERE 1' );
   foreach( $products as $key => $value ) if( !in_array( $value, $all->posts ) ) unset( $products[$key] );
   $q->set( 'post__in', $products );
 }
}
add_action( 'woocommerce_product_query', 'testing_woo_product_query' );

так у вас products пустой

нет) там массив id товаров

 foreach( $products as $key => $value ) if( !in_array( $value, $all->posts ) ) unset( $products[$key] );

вот это вообще нахрена?

если всё предыдущее не поможет, делайте в той функции var_dump($q->request) и смотрите запрос к базе, можно его прямо в phpMyAdmin вставить и смотреть что выдает

а если там null в ответ на var_dump($q->request)?

нет) там массив id товаров

вы осознаёте что вот этот массив скармливаете функции in_array? естественно она возвращает false и все ваши id продуктов затираются вашим же кодом

массив же id, а не объектов

в posts лежат объекты