Мы говорим про настройку VPS для одного сайта? Без бекапов, юзеров/квот, DNS и мониторинга? Тогда конечно проще настроить через консоль, не спорю.
Бекапы - скрипты/плагины
Юзеры - одна команда
Квоты - не нужны, если не мамкин хостер с кучей клиентов на одном серваке
Днс - вообще не вижу смысла на сервер ставить днс сервер. Удобнее юзать днс сервисы типа Яндекс коннекта, cf и прочее
Мониторинг - не видел ещё нормальный мониторинг в панелях