Но, приходится лечить симптомы новые костылями. Кстати, этот костыль написал)) Просто сделал проверку, как это делается в ядре
function clear_cart_after_logout() {
if ( 'logout' == $_REQUEST['action'] ) {
WC()->cart->empty_cart();
}
}
add_action('init', 'clear_cart_after_logout');