Первое решение проблемы банально — просто закрывайте те приложения, для которых вы не хотите, чтобы они открывались после перезапуска Windows. С учетом того, что таких приложений может быть много, это не всем удобно.
Второе решение проблемы — выключать и перезагружать компьютер «по-особенному» (нет, речь идет не об отключении Fast Boot — это, к слову, не помогает). Для этого нужно воспользоваться двумя консольными командами: shutdown -t 0 -s для выключения ПК и shutdown -t 0 -r для перезагрузки. Для того, чтобы не лезть каждый раз в командную строку, можно создать ярлыки для выключения и перезагрузки.