В состав пакета Microsoft Office 2013 (и в некоторых более ранних) есть утилита Spreadsheet Compare, которая позволяет сравнивать два файла Excel. Да, пакет платный, но можно и бесплатно какое-то время попользоваться.
Ну, основная сложность, наверное - отсутствие версии на русском языке. А упрощенно - в меню выбрать пункт compare files, выбрать исходную и текущую версии файла (или наоборот) а в левом нижнем углу в перечне требуемых показателей выбрать select all - будут отображены все изменения. Я пользуюсь именно для поиска мелких отличий версии файла, которые вручную найти сложно. Да и в интернете наверняка инструкция есть.
На работе стоит abbyy finereader 14, прога весчь, однозначно рекомендую! Распознает сканы, сравнивает всё со всем (пдф, ворд, эксель), конвертирует, редактирует пдф.