если три года уже прошло, и счёт не закрывали, то до конца этого года пополнение можно сделать. в начале следующего (примерно ближе к марту, пока работодатель ваши данные передаст в ЛК налоговой), заявить право на вычет по типу А (вычет на взнос). и после поступления его на банковский счёт, закрывать ИИС с выводом суммы. Ну или далее пополнять, по кругу