То есть у меня есть только 2 варианта: выпускать 2 сертификата с одинаковым именем, либо выпустить один сертфикат и перенести его на второй СД через бекап базы. Верно?
если с интерфейсами ОК, то смотрите на mtu, vpn накидывает сверху, может по середине где-то режет, как вариант понизить mtu на интерфейсах и искать какой выставлять https://habr.com/ru/post/136871/
какие изменения были на этом АРМ? что-то устанавливалось? Если запустить утилиту криптопровайдера - ошибка есть при переходе по вкладкам? Или это и есть ошибка пир запуске утилиты? Восстановление АП пробовалось?