У меня была похожая проблема, не помню на какой версии АП для линукса. Решил тем, что при выгрузке корневого сертификата с СД, я выбирал не стандартную кодировку DER, а BASE-64 но точно не помню с какой на какую менял кодировку и под рукой нету СД. В общем выгружал не по умолчанию. Может Вам тоже поможет.