ну то бишь, имея сеть на 3к пользователей - если мы хотим перейти с 3.7 на 3.9 надо всем 3к выдать новые ключи - так?)
если база СД останется таже, то ничего перевыпускать не надо.
Перед обновлением сделай бекап базы СД и ключи администратора СД. Лучше две копии, или как тут писали - несколько.
Потом можно просто на 3.9 восстановить базу СД от 3.7 и все.