А Google при заливке APK может его пересобрать? Я заметил, что он изменяет имя сертификата (файл RSA) при переподписи с CERT на GOOGPLAY, но не у всех приложений почему-то. А вот размер других файлов вроде не меняется.
Мне кажется, неплохо проверять, помимо подписи и прочих файлов, размер файлов в сжатом виде. После того, как apk будет пересобран, очень вероятно, что размер будет отличаться у всех файлов.
может быть, разница в "новом" и "старом" методах подписи? раньше ключ хранился локально и в апп стор заливали цже подписанное приложение, теперь ключ только у гугла, а локально подписываешь только с upload key