Различие в том, что user id это клиент в вашей системе, вы сообщаете яндексу, что клиент Иванов снова купил на 5000 руб., но перед этим нужно сопоставить clientid и userid и сообщить об этом яндексу, потребуется доработка интеграции. И по userid нет срока давности заявки, в то время как clientid истекает через 21 день, для длинных сделок может не подойти.
Если не с форм сайт, то как яндекс узнает о посетителе? :)