Родиной кефира считаются «окрестности Эльбруса по верховьям Кубани»[14], а честь изобретения кефирной закваски оспаривают карачаевцы, балкарцы и осетины[15][16].
Один из первых исследователей кефира В. В. Подвысоцкий пришёл к выводу, что грибковая культура кефирных зёрен берёт своё начало от грибковой культуры кумысного фермента, которая распространилась с появлением в горах Кавказа степных племен, чьей основной отраслью животноводства было коневодство. Смена продукта закваски была обусловлена вынужденной сменой приоритетного направления животноводства, тогда впервые альтернативно кобыльему молоку начали добавлять грибковый кумысный фермент в коровье молоко, на основе чего и появился известный кефир, а кумысный фермент адаптировался к новым реалиям и стал местной грибковой культурой кефирных зёрен[17].
Первое официальное сообщение о кефире и его пользе для здоровья сделал тифлисский врач Джогин на докладе в Кавказском медицинском обществе от 1867 года[18]. Всероссийское общество врачей в своё время обратилось к известному молокозаводчику Бландову с просьбой наладить производство кефира в России. На предприятии Бландовых работала Ирина Тимофеевна Сахарова, которая, по их заданию, посетив поместье богатого карачаевского узденя Бекмурзы Байчорова, привезла из Кисловодска кефирные грибки, и Бландовы первыми наладили производство кефира в Москве.