Давай еще раз, ты говоришь непонятно и прыгаешь с одного на другое:
Ты пополнил Тинькофф через их сервис, и Яндекс взял комиссию за операции в кредитной организации. Ты перевёл через тот же сервис от Тинькофф на Сбербанк с той же карты Яндекс Денег, но комиссию Яндекс не взял?
Операции проведенные через приложение или сайт Яндекса при условии авторизации могут рассматриваться, как операции из личного кабинета, у них могут быть свои условия, надо уточнять