Внутри основной композиции в AE, если дублировать какую-то композицию, они в любом случае будут точными копиями друг друга? Как-то можно вносить изменения только в одну из них?
Тебе нужно дублировать не в окне композиции/на таймлайне, а в меню, где все папки и композиции валяются.
Если ты продублируешь прекомп в композиции, то изменения будут дублироваться.