Сфп только не меняли. С сигналами все ОК. Ладно бы в физике была бида, тогда как понижение частоты влияет на отсутствие ошибок?
По congestion control - не смотрел. Можно будет глянуть, как попаду за ПК.
Кстати, а всякого рода энергосбережения на pcie не включены? А то мож правда засыпать пытается пока numa ноды между собой траф гоняли, а при пониженной частоте засыпает меньше например.