Как я вижу механику тройки на МЦД.
При входе с карты списывается стоимость поездки (в области больше) или срабатывает режим бесплатной пересадки, если человек вышел из метро, при выходе проверяется необходимость дополнительного списания (в области, если приехал из города) и на станциях с пересадкой на метро записывается возможность бесплатного входа именно на ближайшей станции.