Работать с тем, что не подружится с спрутхабом ?
нет, если спрутхаб идет в роли хаба, логично всю логику хранить на нем, в том числе и автоматизации. Но есть один ньюанс, автоматизации хомкита слабые много чего в них нет. И как такие конфликты будут решены?