Чтобы установить драйвера в уже установленную систему, в которой не работают порты USB3, достаточно загрузиться в WinPE, запустить Win7USB3 и указать раздел с системой (например диск C). Или можно не загружать WinPE (например клавиатура и мышка работают), переименовать файл в Win7USB3+.exe и запустить, тогда вместо диалога интеграции необходимые драйвера будут установлены.