IDE. это среда разработки, у неё есть конфиги чтобы подсвечивать синтаксис. И если по этим конфигам она видит то она светит и все ок. А при запуске компиляции, должны быть переданы параметры где искать файлы которые инклудятся, и если там не указаны эти пути, то компилятор эти файлы не найдет