Я вчера попробовал, и мне не понравилось
Как я понял, Doxygen умеет то же самое что и Sphinx+Breathe+Exhile, их единственный плюс - красивые темы оформления. Минусы: страницы подлагивают из-за обилия js, куча доп зависимостей для создания документации, поломка не http форматов (не то чтобы они были особо нужны, но осадочек остался)
Основная претензия у доксигену - стиль веб сайта 20летней давности. Сфинкс с readthedocs темой позволяет это исправить. К сожалению Breathe(ссылки на Доксиген) надо кропотливо интегрировать в RST и много ручной работы за пределами доксиген блоков, и Exhale как-то это не решает. Но
Всё привыкли к readthedocs теме, и игра стоит свеч