а роут без марка вы оставили?
Спасибо разобрался, нужен был маршрут без маркировки, в итоге выглядит так, плюс динамические метки /ip firewall mangle
1 Динамический вариант
add action=mark-connection chain=input comment=\
dst-address=109.***.***. in-interface="pppoe-Wiset 1" \
new-connection-mark="Wan 1-in" passthrough=no
add action=mark-connection chain=input comment=\
dst-address=46... in-interface="pppoe-Fatum 2" new-connection-mark=\
"Wan 2-in" passthrough=no
add action=mark-routing chain=output comment=\
connection-mark="Wan 1-in" new-routing-mark=Wan1 passthrough=no
add action=mark-routing chain=output comment=\
connection-mark="Wan 2-in" new-routing-mark="Wan 2" passthrough=no