На старых прошивках у меня работало, если на микротике-клиенте скрипт надо исполнять (принадлежать) от имени пользователя, под которым логинишься на удаленное устройство.
Т. Е. если на удаленную железку ломимся как "user1", владельцем локального скрипта должен тоже быть "user1". Чтобы именно из его профиля использовался закрытый ключ.
Я по до скриптов ещё не дошёл. Тестирую через tools telnet, там указываю ssh, ip, user