Туннельный а не транспортный
Туннельный или транспортный не важно, важно то, как происходит IPSec policy match.
В классическом случае, на основе правил в Security Policy Database в ядре, после выполнения процесса маршрутизации. Когда пакет проходит xfrm policy lookup hook в ядре.
В route-based на основе выходного интерфейса полученного в результате RIB routing lookup, соответственно у этого интерфейса есть ссылка на policy rule в SPD в ядре.
В RouterOS реализован только policy-based IPSec, несмотря на наличие в ядре Linux в фреймворка XFRM поддержки, как VTI, так и XFRM интерфейсов, реализующих route-based IPSec