L2TP работает на Layer 3, технически инкапсулируется в UDP datagram, реже в IP packet, Vlan это концепция существующая в Ethernet протоколе, а он у нас Layer 2.
Решение о том, через какой интерфейс будет направлен IP пакет принимается на основе RIB(FIB), Vlan имеет существенное значение в mac forwarding table, в RIB, он может быть только, если он является Layer 3 интерфейсом (SVI).