Думаю, что при помощи веб прокси Вы эту задачу не решите. Нужно смотреть в сторону маршрутизации. Возможно наиболее простым вариантом будет смена шлюза по умолчанию. Чтобы весь трафик проходил через микротик и на нем принималось решение кого и куда.
Если завернуть трафик через Mikrotik, то проблем нету, но интересует именно такая реализации, дабы пустить трафик через VPN по необходимости (просто включив прокси), а не гонять весь трафик через VPN
Да, можно сменить шлюз (если нужен VPN), но это тоже костыль