и да, проверять рекурсивно наличие файлов с расширением .bak, с учетом того, все мсскл бэкапы кладутся в одну директорию - довольно странно и ломает восстановление, если для какого-либо другого файла был сделан бэкап с расширением .bak на исходной инсталляции
Скрипт бекапа создает новую папку и после бекапа архивирует файлы. При ресторе, требуется распаковать архив и указать путь к папке. случайные bak-файлы туда попадут только при сознательном действии пользователя.
Как в вашем случае попали bak-файлы в архив?