ну, как вариант, загрузиться с лайв усб или двд, че там у тебя, запустить gparted, изменить размер раздела на винте, освободив место под системный раздел, потом примонтировать этот раздел, удалить всё из корня, кроме /home, а из этого /home перекинуть всё в корень раздела. Потом запустить установку, во время установки сказать ему что будешь размечать диск вручную. Создать на освободившемся месте раздел для / , отметить что его можно отформатировать, а тот раздел что ты уменьшил, сказать чтоб он монтировался в /home и НЕ ФОРМАТИРОВАТЬ (чтоб галочки не стояло)