Я, в принципе, нашёл место в Makefile, где надо сделать исправление...
Я здесь запишу, чтобы не забыть потом.
В Makefile есть путь к директории, где хранятся результаты пользователей, kobo_scoredir. И, разумеется, он указывает на read-only filesystem, а должен в /boot/home/config/settings/kobo-deluxe/scores.