Обычно если ставить ближе к процу, то данные идут напрямую через него, а не через чипсет как у нижнего, но разницы по тестам почти минимальна. Ещё стоит учитывать, что ставя в верхний судя по мануалу, один из разъёмов сата под обычные ссд/hdd деактивируется