кроме этого - на порядок больше времени на старте, особенно при code first, кучу надо приседаний сделать чтобы нужной схемы добиться, потом - пришлют тебе медленный запрос, гораздо тяжелее разобраться откуда в коде он пришел и так же тяжело его оптимизировать, далее часто вместо того чтобы оптимальный запрос сделать, ты делаешь более "удобный" с точки зрения EF, плюс кучи проблем из-за апгрейдов самого ef, ломающих изменений, ну и в о общем, вместо того чтобы разбираться с базой ты должен разбираться в тонкостях фреймворка (забивать голову ненужными делами), плюс времена когда у тебя только sql уже давно прошли, все чаще надо ориентироваться на nosql базу, так что завязываться на orm становиться все более плохой идеей