Вы просто вовремя (до форка v16) не обновились и теперь не можете ссинхронизироваться с правильным блокчейном.
Как вы именно запускали реиндекс? На какой операционке?
windows 7 64bit, изначально 16 версия не запускалась вообще, ок. Я почистил в реестре все записи касательно даша, чтобы вся информация обнулилась, далее запустив началась обычная установка, с выбором куда будет грузиться блокчейн, вот так и запустил с чистого листа, старый блокчейн от других версий не подсовывал.