powershell/python/etc часто оборачивают в exe-шники, но зачем их там подменять, если можно просто обернуть свой
вообщем я одну задачу решал, там вот как раз таки перед тем как сделать де обфускацию , надо было сделать подмену скрипта с помощью утилиты HR