в этом и смысл типа режима ОС - ОС защищенного режима, это гарантирует что пользователь не имеет прямого доступа к оборудованию (каждая программа в своем независимом от других адресном пространстве), обращаться к оборудованию можно только через api ОС, а дальше внутри этой апи идет обращение к драйверам оборудования, а драйвера общаются с оборудованием через порты.
вроде так все происходит