а у каждого логического процессора ( ядра ) ведь свой TSC счетчик, верно ?
Да, но они вроде как должны показывать одно и то же. Если только это не многопроцессорная система (SMP/NUMA).
Если invariant TSC есть (Hehalem и старше), то работают с постоянной скоростью, даже по время сна.