Не успели мы как следует испугаться британской разновидности коронавируса [1], как в Бразилии народилась еще одна, вероятно, не менее неприятная. Написала про нее для "Правмира" [2].
Патоген, относящийся к новой линии P.1, обнаружили при расшифровке последовательностей вирусных геномов, выделенных у пациентов в городе Манаус, столице штата Амазонас [3]. Там, как и примерно везде в Латинской Америке, ситуация с распространением вируса аховая. Даже если меры и есть, люди их не соблюдают, потому что население этих стран бедно, а возможность зарабатывать на еду, сидя за компьютером у себя дома, есть лишь у очень маленькой части жителей.
В Манаусе все было очень плохо еще летом – в июне IgG определялись у 44% населения [3] – потом, по мере того, как порог коллективного иммунитета становился все ближе, число заражений пошло на спад, но в последние месяцы вдруг вновь стало резко нарастать. Внятных научных данных из Манауса мало, но, тем не менее, периодически ученые расшифровывают последовательности тамошних вирусов. До декабря в них не было ничего необычного: в регионе распространялись вирусы, принадлежащие к известным линиям, были видны следы многократных заносов из-за пределов Амазонаса, однако все оставалось в рамках того, что ученые наблюдают в других местах. Но неожиданно почти в половине (42%) декабрьских образцов исследователи обнаружили неизвестную до сих пор разновидность. И одновременно с середины декабря в Манаусе пошел новый рост числа заразившихся. Связана или нет увеличившаяся скорость распространения вируса с новой разновидностью Р.1, пока неясно, но в Англии и в Дании новый рост числа выявленных случаев был вызван как раз таки новым более «приставучим» британским вариантом.
Косвенно в пользу того, что новый всплеск инфекций в Манаусе также вызвал свежепоявившийся вариант P.1, свидетельствуют мутации, которые он несет. А их в избытке. Из значимых – 17 аминокислотных замен (то есть мутаций, которые приводят к изменению одной аминокислоты на другую в кодируемом соответствующим геном белке), 3 делеции (выпадения нескольких нуклеотидов) и 4 инсерции (вставки нескольких лишних нуклеотидов). Некоторые из этих мутаций уже встречались раньше – например, у того же британского варианта – и мы примерно представляем, как они меняют свойства вируса.
Так, ставшая уже знаменитой мутация N501Y (замена аминокислоты аргинин на тирозин в позиции 501 последовательности спайк-белка) находится в так называемом RBD-участке, который непосредственно отвечает за присоединение спайк-белка к человеческим рецепторам ACE2. Вирусы, несущие такую замену, держатся за рецепторы прочнее. Кажется, что это должно помогать вирусу лучше проникать в клетки, но в действительности для заражения соединение с рецептором не должно быть ни слишком сильным – потому что в определенный момент ему нужно отцепиться, ни слишком слабым – так как иначе вирус будет отваливаться от клеток раньше, чем закончит необходимые для проникновения мероприятия (подробнее об этом тут [2]).
В ситуации, когда вокруг много неиммунных людей, N501Y не увеличивает шансы вируса на распространение – даже, скорее, наоборот. Но когда переболевших или вакцинированных становится больше, вирус, попав в новый организм, чаще оказывается в ситуации, когда его атакуют антитела. Самые эффективные из них бьют как раз в то место, при помощи которого вирус прикрепляется к рецепторам. Соответственно, более прочная связь становится преимуществом. Помимо британского и бразильского вариантов, N501Y независимо возникла еще у одной недавно выделившейся разновидности, так называемой южноафриканской.
Еще одна потенциально опасная для нас мутация в последовательности спайк-белка бразильского варианта называется E584K, то есть замена глутаминовой кислоты на лизин в позиции 584. У южноафриканского варианта она тоже есть, и в одной из работ было показано, что вирусы с такой заменой хуже узнаются некоторыми нейтрализующими (то есть самыми эффективными) антителами [5]. Самое важное слово в предыдущем предложении – «некоторыми».