При такой нагрузке бывают лаги)
у всех все как обычно работает нормально :) поэтому смотри iotop, dmesg, journal, может найдешь что-нибудь вероятностью 1% . Могу предположить, что это может быть из-за picom, по крайней мере у меня было что-то похожее на это(через случайное кол-во времени начинало все лагать, killall picom помогал, потом сменил конфиг, а потом решил шо он не нужон и отправил на помойку с почетом )