Я надеюсь ты их ещё не удалил, вообще нельзя удалять .desktop файлы, это не только иконки в overview, а ещё иконки в списках и функциях программы, если они тебе мешают именно в overview, то открой .desktop файл текстовым редактором и пропиши аргумент скрытия
удалил только которые со сломанными иконками, вроде ничего не сломалось и те иконки исчезли