короче , точки монтирования /boot и /boot/efi могут оказаться разными разделами диска . Раздел с загрузчиками fat32 может быть общим для разных систем и монтируется обычно /boot/efi
перефразирую ещё раз, конкретно пакстрап может затереть/повредить и т.д. старые initramfs если маунтпоинт будет одинаковый для двух ос ?