В home держи только конфиги, остальные медиа папки вынеси на hdd и прилинкуй в home - бэкапы быстрее timeshift делать будет и места занимать меньше. Так же в случае чего - файлы на hdd сохранятся. Папку под бэкапы так же на hdd можешь. Я себе под них отдельным разделом сделал