На сколько я помню сорцы он по md5 итд сверяет, а вот pgp подпись у него хранится в базе данных, и в самих пакетах она тоже есть, у меня были ошибки pgp даже при установке бинарей с офф реп, при не обновленной базе ключей
При сборке он ключ берет из sig файла в списке сорцов. Если его нет - никакие подписи не проверяются, их нет. Если есть, то от имени sig файла расширение отбрасывается, а содержимым проверяется другой файл