Если в процессе установки приходится что-то делать руками - квест не пройден, надо совершенствовать инсталл-скрипт
Чтобы в идеале загрузился с флешки, подмонтировал пустой винт и винт с бэкапами, запустил инсталлятор - и получил полностью настроенную свежую систему