как раз сейчас эксперементирую. у меня с темами стоят qt5-styleplugins и qt5ct. а также тема arc-gtk-theme. через lxappearance меняю тему gtk.
при входе в систему в ~/.xprofile добавлено
export QT_QPA_PLATFORMTHEME=qt5ct
с virtualbox сработало, но это пока единственное qt приложение у меня)
Сработало после того как добавил export QT_QPA_PLATFORMTHEME=qt5ct в .xinitrc. До этого я просто задавал эту переменную при запуске приложения. Большое спасибо