На самом деле, раз ты спрашиваешь про iptables, то это достаточно низкоуровневая система. Поэтому в нём ты просто задаёшь набор правил, которые напрямую передаются ядру. Или несколько наборов, чтобы переключаться между ними. Если нужна больша гибкость и "всплывающие окошки как в винде", то тебе стоит поискать какой-нибудь графический интерфейс. В статье iptables на wiki есть перечень интерфейсов, в т.ч. графических, можешь глянуть для начала. Сам такими не пользовался, ничего посоветовать не могу.