Ну, варианты действий:
1) Удалить файлы баз данных вручную и попробовать обновить систему pacman -Syu - это должно создать базы заново.
2) Как предложил тов. Волк, обновить записи в базах данных командой pacman -S с опцией --dbonly. Утилита paclog-pkglist из пакета pacman-contrib составит список установленных пакетов на основе лог-файла pacman, т.е. к базам данных она обращаться не будет.
3) Поискать описание своей проблемы в разделе
https://wiki.archlinux.org/index.php/Pacman_(%D0%A0%D1%83%D1%81%D1%81%D0%BA%D0%B8%D0%B9)#%D0%A0%D0%B5%D1%88%D0%B5%D0%BD%D0%B8%D0%B5_%D0%BF%D1%80%D0%BE%D0%B1%D0%BB%D0%B5%D0%BC. Также там найдёшь описание, как переустановить pacman вручную, если ничего не поможет.